如何从NCBI上利用Batch Entrez批量下载基因序列文件

摘 要:

从NCBI下载基因序列时先进入NCBI主页,选择数据库后输入GenBank AC号或GI号后直接下载。但在大批量下载基因序列时,如果能够快速批量下载基因序列文件,将大大减少工作量。NCBI自带的Batch Entrez只需简单三步即可完成这一任务。

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NCBI下载基因序列是很简单的一件事,生物学相关的人员可能都从NCBI下载过基因序列。下载方法无非就是先进入NCBI主页,选择数据库后输入GenBank AC号或GI号后直接下载。但在大批量下载基因序列时,这样一个一个序列下载会耗费大量时间。如果能够快速批量下载基因序列文件,将大大减少工作量。实现这一目的通常办法是借助一些生物软件的检索功能,诸如:Bioedit、Geneious、MacVector等。其实,NCBI自带的Batch Entrez只需简单三步即可轻松完成这一任务。

一、准备基因序列号文件

创建一个需要下载序列GenBank进入号(AC号)的列表文件,每行一个独立的AC号,保存为文本文件:

如何从NCBI上利用Batch Entrez批量下载基因序列文件

二、简要流程

1、打开浏览器,打开网址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/batchentrez

如何从NCBI上利用Batch Entrez批量下载基因序列文件

2、点击“浏览”按钮,选择事先准备带AC号的文本文件后,点击“Retrieve”开始检索,数秒后即可返回检索的序列记录;

如何从NCBI上利用Batch Entrez批量下载基因序列文件

3、点击检索到的序列记录“Retrieve records for 48 UID(s)”,然后点击“Send to”,选择需要保存的序列文件格式下载即可。

如何从NCBI上利用Batch Entrez批量下载基因序列文件

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