以氨基酸序列为列图文解说MEGA软件构建系统发育树方法

摘 要:

用MEGA软件将以Fasta做后缀的序列打开。点击菜单栏内的Alignment选项,选择Align by ClustalW选项对数据进行处理。选择Export Alignment中的MEGA Format和FASTA format进行保存。选择菜单栏中的Analysis选项中的Phylogeny中的Construct/Test Maximum Likelihood Tree选项进行数据处理即可。

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1、打开网址http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/,将菌名输入到protein后面的框内,点Search键,选择一个搜索结果点击进入。

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2、将搜索出来的结果选择send to下拉箭头内的选项,Analysis Tool和BLAST,选择好后点击Submit进行搜索

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3、进入BLAST页面,点击页面最下面的BLAST按钮,进行blast,如图所示:

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4、从结果中选择10个蛋白质序列,进行复制,粘贴到TXT文档内,然后将TXT文档后缀名改为FASTA

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5、用MEGA软件将保存好的,以Fasta做后缀的序列打开

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6、点击菜单栏内的Alignment选项,选择Align by ClustalW选项。

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7、弹出如下图对话框,选择OK键,对数据进行处理

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经过一段时间的数据处理,数据处理完成如下图所示:

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8、选择菜单栏中Data选项中的Save Session选项进行保存。

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再选择Export Alignment中的MEGA Format和 FASTA format 进行保存。

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9、选择菜单栏中的Analysis选项中的Phylogeny中的Construct/Test Maximum Likelihood Tree选项进行数据处理。

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将数据按下表填写,点击Compute键

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数据将按下表方式处理:

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最大进化树如下所示:

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10、点击菜单栏下一行的Distance选项,选择下拉菜单中的第一个选项,进行数据处理

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出现如下对话框,按下图所示,点击Compute键

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即可得出最终结果:

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