图文详解利用MEGA软件构建系统发育树的方法

摘 要:

MEGA是最常用的构建系统发育树的软件之一,在构建系统发育树之前,先将目标基因序列或氨基酸序列都分别以fasta格式,然后利用软件进行建树。本文利用图文形式详细说明了MEGA软件构建系统发育树的方法。

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一、序列文本的准备

在构建系统发育树之前,先将目标基因序列或氨基酸序列都分别以fasta格式保存为txt文本文件中(或者把所有序列保存在同一个txt文本中),序列文件的第一行是由大于号">"或分号";"打头的任意文字说明(习惯常用“>序列名称”),用于序列标记。从第二行开始为序列本身,只包含序列字母(ATCG或氨基酸简写字母)。通常核苷酸序列大小写均可,而氨基酸序列常用大写字母。文件每行的字母一般不应超过80个字符。

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二、序列导入到MEGA5软件

(1)打开Mega 5软件,界面如下

图文详解利用MEGA软件构建系统发育树的方法

(2)导入需要构建系统发育树的目的序列

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OK

选择分析序列类型(如果是DNA序列,点击DNA,如果是蛋白序列,点击Protein)

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出现新的对话框,创建新的数据文件

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选择序列类型

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导入序列

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导入序列成功。

(3)序列比对分析

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点击工具栏中“W”工具,进行比对分析,比对结束后删除两端不能够完全对齐碱基。

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(4)系统发育分析

图文详解利用MEGA软件构建系统发育树的方法

关闭窗口,选择保存文件路径,自定义文件名称

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三、系统发育树构建

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根据不同分析目的,选择相应的分析算法,本例子以N—J算法为例

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Bootstrap 选择1000,点击Compute,开始计算

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计算完毕后,生成系统发育树。

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根据不同目的,导出分析结果,进行简单的修饰,保存即可。

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