扩增细菌16S rDNA通用引物的名称、序列和相对位置

摘 要:

细菌核糖体RNA(rRNA)有三种类型:5S rRNA、16S rRNA和23S rRNA。其中16S rRNA普遍存在于原核细胞中,含量较高、拷贝数较多,功能同源性高,遗传信息量适中,适于作为细菌多样性分析的标准。16S rDNA编码基因序列共有9个保守区和9个高可变区。其中,V4-V5区其特异性好,是细菌多样性分析注释的最佳选择。Silva、GreenGene和RDP是目前最全面的三个微生物rRNA基因信息数据库。

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细菌核糖体RNA(rRNA)有三种类型:5S rRNA(120bp)、16S rRNA(约1540bp)和23S rRNA(约2900bp)。5S rRNA基因序列较短,包含的遗传信息较少,不适于细菌种类的分析鉴定;23S rRNA基因的序列太长,且其碱基的突变率较高,不适于鉴定亲缘关系较远的细菌种类;16S rRNA普遍存在于原核细胞中,且含量较高、拷贝数较多(占细菌RNA总量的80%以上),便于获取模板,功能同源性高,遗传信息量适中,适于作为细菌多样性分析的标准。

Silva、GreenGene和RDP是目前世界上最全面的三个微生物rRNA基因信息数据库。

16S rDNA作为分析细菌进化和亲缘关系的良好工具具有以下特点:

1、16S rDNA普遍存在于原核生物中,参与生物蛋白质的合成过程,并在生物进化的漫长历程中保持不变,是生物演变的时间钟。

2、在16S rDNA分子中,即含有高度保守区域,又有中度保守和高度变化的区域,适用于进化距离不同的各类细菌亲缘关系的研究。

3、16S rDNA的相对分子量大小适中,约1540个核苷酸,便于序列分析。

4、16S rDNA编码基因序列共有9个保守区和9个高可变区。其中,V4-V5区其特异性好,数据库信息全,是细菌多样性分析注释的最佳选择。

扩增细菌16S rDNA的引物名称、序列和相对位置:

扩增细菌16S rDNA通用引物的名称、序列和相对位置

扩增细菌16S rDNA通用引物的名称、序列和相对位置

细菌16S rRNA可变区的位置:V1:69-99 bp,V2:137-242 bp,V3:433-497 bp,V4:576-682 bp,V5:822-879 bp,V6:986-1043 bp,V7:1117-1173 bp,V8:1243-1294 bp,V9:1435-1465 bp。

细菌16S rDNA通用引物名称和序列:

引物名称引物序列(5'→ 3')功能
引物名称引物序列(5'→ 3')功能
27FAGAGTTTGATCMTGGCTCAGPCR and sequencing,most eubacteria
357FCTCCTACGGGAGGCAGCAGMost eubacteria
530FGTGCCAGCMGCCGCGGMost eubacteria and archaebacteria
926FAAACTYAAAKGAATTGACGGMost eubacteria and archaebacteria
1114FGCAACGAGCGCAACCCMost eubacteria
342RCTGCTGCSYCCCGTAGMost eubacteria
519RGWATTACCGCGGCKGCTGMost eubacteria and archaebacteria
907RCCGTCAATTCMTTTRAGTTTMost eubacteria and archaebacteria
1100RGGGTTGCGCTCGTTGMost eubacteria
1492RTACGGYTACCTTGTTACGACTTPCR and sequencing,most eubacteria
1525RAAGGAGGTGWTCCARCCPCR and sequencing,most eubacteria

M=C:A,Y=C:T,K=G:T,R=A:G,S=G:C,W=A:T,all 1:1。

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