利用Non-SELEX方法筛选适配体

摘 要:

Non-SELEX筛选技术是相较于SELEX筛选技术提出的。传统的SELEX技术要使用PCR等技术富集能与靶物质结合的核酸序列,而Non-SELEX无需进行PCR等核酸序列扩增步骤。与筛选周期通常为1-3个月的SELEX相比,Non-SELEX筛选技术可在几天甚至几小时内完成适配体筛选全过程,大大缩短了筛选周期。但后者需毛细管电泳仪进行筛选,因此具有一定的局限性,多用于大分子物质的适配体筛选。

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Non-SELEX筛选技术是相较于SELEX筛选技术提出的。传统的SELEX技术在经过洗脱分离步骤后,要使用PCR等技术富集能与靶物质结合的核酸序列,扩增出的产物将进入下一轮阳性筛选过程,从而提高适配体序列在核酸序列文库中所占有的比例,最终筛选出解离常数低的适配体序列。与SELEX不同的是,Non-SELEX无需进行PCR等核酸序列扩增步骤,经过2-3次分离、分析筛选步骤后直接得到适配体序列。

Berezovski等首次提出Non-SELEX技术的概念,并使用该技术筛选h-RAS蛋白适配体。他们将平衡混合物的非平衡毛细管电泳(non-equilibrium capillary electrophoresis of equilibrium mixtures,NECCM)引入适配体的筛选中,以h-RAS蛋白和适配体文库的平衡混合物为样品,利用h-RAS蛋白和核酸序列两者结合后出现特异性峰形,进而针对这种非线性拟合对反应的解离速率常数进行求解,经过3轮分离、分析后得到能特异性结合h-RAS蛋白的核酸序列。

随后,Non-SELEX技术在适配体筛选中得到了发展和应用。Ashley等利用非平衡毛细管电泳,以溶菌酶、胰蛋白酶原、糜蛋白酶原 A 和肌红蛋白为靶标进行阴性筛选,经过3轮Non-SELEX筛选出了能特异性结合牛过氧化氢酶的适配体。Yu等运用数学模型分析了在不同条件,如蛋白浓度、分离效率不同对Non-SELEX筛选过程的影响,为后续研究者的实验设计提供了参考依据。

与筛选周期通常为1-3个月的SELEX筛选技术相比,Non-SELEX筛选技术可在几天甚至几小时内完成适配体筛选全过程,大大缩短了筛选周期。但由于后者需借助毛细管电泳仪进行筛选,筛选靶物质结合核酸序列前后应在电泳迁移率方面有明显变化,因此具有一定的局限性,即Non-SELEX技术大多用于大分子物质的适配体筛选。

参考文献:

解沛燕, 朱龙佼, 许文涛. 适配体在食源性致病菌检测中的应用进展. 生物技术通讯, 2016,32(4):48-62.

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