标准菌株、模式菌株与参考菌株的定义和区别

摘 要:

标准菌株是由菌种保藏机构保藏的,遗传学特性得到确认和保证并可追溯的菌株。标准菌株也称为模式菌株。看一个保藏菌株是否是标准菌株的标志是在菌株名后有一个上标的T;每种菌可以有多个标准菌株。参考菌株也叫平行菌株,通常是根据系统进化树以及前人研究进行选取,一般将已经研究较多的菌株作为参考菌株。

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标准菌株:由国内或国际菌种保藏机构保藏的,遗传学特性得到确认和保证并可追溯的菌株[1]。标准菌株是在给某细菌定名、分类记载和发表时,为了使定名准确和作为分类概念的准则,以纯粹活菌(可繁殖)状态所保存的菌种。

标准菌株也称为模式菌株(type strains),通常需要由至少两个不同国家的专门保藏机构保藏的菌株,一个菌株在同一个保藏机构有且仅有永久保藏号。看一个保藏菌株是否是标准菌株的标志是在菌株名后有一个上标的T (Type);每种菌可以有多个标准菌株。

例如:红假单胞菌Rhodobacter sphaeroides ATCC 17023T、Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025T、Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029T这三个菌株都属于一个种,但是不同的菌株,因为这三者都在同一个保藏机构,而Rhodobacter sphaeroides ATCC 17023T=Rhodobacter sphaeroides ATH 2.4.1= Rhodobacter sphaeroides DSM 158T=Rhodobacter sphaeroides NCIB 8253T,这四个是同一个种同一株菌,因为它们是同一株菌在不同国家的不同保藏机构保藏。

标准菌株通常至少定义到属或种的水平,按其特征进行分类和描述,并有明确的来源。标准菌株一旦被确定后,全球的学者都以这个菌株作为标准,与它进行比对,看亲缘关系如何,来定位待测菌株的系统发育地位。

正标准菌株:在标准菌种中,对于从作过原始记载的作者实际分离或应用的菌株,通过营养繁殖获得和保存的菌株,称为正标准菌株。

选定标准菌株:当原作者使用复数菌株,以后的研究者选择其中之一作为最适当的菌株时,称该菌种为选定标准菌株。

新标准菌株:当原作者使用的菌株失掉,以后的研究者就新的菌株研究、记载后,确认可以作为国际上正标准菌株的代替菌株时,称该菌株为新标准菌株。

保存菌种时,必须留心不使菌株在保存过程中死亡或发生变异。目前最常用的保存方法是冷冻干燥法(冻干)。模式菌株应由适当的菌种保存机构保存。

参考菌株(reference strain)一般也叫平行菌株,通常根据系统进化树以及前人研究进行选取的。实验研究时,选择哪个菌株作为参考菌株要具有科学性,一般都是将已经研究较多的菌株作为参考菌株。

参考文献:

[1]  国家食品药品监督管理局药品认证中心.药品GMP指南:中国医药科技出版社,2011年。

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