系统发育进化树的Bootstrap值是什么意思?

摘 要:

BOOTSTRAP值即自展值,用来检验所计算的进化树分支可信度。一般Bootstrap的值>70%,则认为构建的进化树比较可靠。如果Bootstrap的值太低,则有可能进化树的拓扑结构有错误,进化树是不可靠的。比如鉴定菌种时一般认为节点数字初始设置1000计算后显示大于500时的系统发育分析才具有可信度,学术杂志才会接收或者认可。

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BOOTSTRAP值即自展值,可用来检验所计算的进化树分支可信度。Bootstrap几乎是构建系统进化树一个必须的选项。一般Bootstrap的值>70%,则认为构建的进化树较为可靠。如果Bootstrap的值太低,则有可能进化树的拓扑结构有错误,进化树是不可靠的。

Bootstrap值是指根据所选的统计计算模型,设定初始值1000次,就是把序列的位点都重排,重排后的序列再用相同的办法构树,如此让模型计算并绘制1000株系统发育树,这是命令阶段产生的。如果原来树的分枝在重排后构的树中也出现了,就给这个分枝打上1分,如果没出现就给0分,这样给进化树打分后,每个分枝就都得出分值。系统发育树中每个节点上的数字则代表在命令阶段要求的1000次进化树分析中,有多少次。重排的序列有很多组合,值越小说明分枝的可信度越低,最好根据数据的情况选用不同的构树方法和模型。比如鉴定菌种时一般认为节点数字初始设置1000计算后显示大于500(有的时候显示是百分数,要注意)时,这样的系统发育分析才具有可信度,学术杂志才会接收或者认可。

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